Výstavba nového severního křídla na II. nádvoří Pražského hradu započala někdy na konci 80. 16. století. Nejprve byly vystavěny tzv. Španělské stáje se sálem v patře, které nahradily starší zástavbu včetně starší románské nárožní věže na severní straně Pražského hradu mezi II. a III. nádvořím. Stáje končily tehdy u brány vedoucí na Prašný most přes Jelení příkop. Stavbu vedl po roce 1586 správce stavebního úřadu Ulrico Aostalli (Uličný 2017; podle Krčálové 1975, s. 505 a 509 a Preisse 1980 definitivní plány dokončil Gargiolli až v roce 1589 a práce byly zahájeny teprve v roce 1590.). Stáje v přízemí byly dokončené již roku 1594 a nad nimi vznikl Nový sál, určený pro Rudolfovu sbírku obrazů (tzv. Německý sál). Výzdoba dokončená v letech 1597–1598 se nedochovala (Preiss 1980, Uličný 2017, s. 825–829).  

Na začátku 17. století byla zahájena také výstavba dalších stájí pro španělské koně jako pokračování severního křídla ale ve dvojnásobné šířce jako dvoutrakt s konírnami v přízemí i v suterénu. Stavební úřad pražského hradu tehdy vedl Konrád Engler, který se přel se zednickým mistrem Oraziem Fontanou o způsob založení stájí. Podle jím zhotovených plánů se zdá, že nad jejich klenbami měla být původně zřízena zahrada. Ke změně projektu došlo patrně náhle v průběhu roku 1604, protože původní rozpočet na tento rok se sálem ještě nepočítal. Podle Uličného (2017, s. 848–850) tuto myšlenku vnukla Rudolfu II. nenadálá možnost získat sbírku antických soch od savojského vévody. Nový velký Španělský sál zřejmě projektoval již Giovanni Maria Filippi, který byl v roce 1602 povolán z Říma, aby se ujal stavebního úřadu Pražského hradu (Krčálová 1975, s. 518; Vilímková – Kašička 1976, s. 385–391).  Právě do souvislosti s jeho římským pobytem je kladena řada pokročilých řešení, se kterými se setkáváme po roce 1601 na Pražském hradě. Vedle nedochované Matematické věže na II. nádvoří je to slohově pokročilé řešení kamenných portálů a štukových kazetových kleneb konírny v přízemí severního traktu pod Španělským sálem, dále nová vnitřní brána k Prašnému mostu, a nakonec také tzv. Matyášova brána. (Krčálová 1975, s. 510–512; Uličný 2017, s. 862–893). Nelze ale pominout, že řada zde užitých motivů byla v té době obecně známá a objevuje se například v již Serliových knihách o architektuře.

Španělský sál byl v hrubé stavbě dokončen zřejmě již v roce 1605 (Uličný 2017, s. 850). Na jeho kamenické výzdobě pracoval Giovanni Antonio Brocco. Štukatérské práce prováděli v roce 1606 Battista Soviano a jeho pomocník Oliver. Poprvé je toho roku v hradních účtech vztahujících se ke Španělskému sálu doložen také sochař a štukatér Giovanni Battista Quadri (i když jen účtem za barvy). V následujících letech to byl zejména on a také dvorní sochař Adrian de Vries, kteří se výrazně podíleli na podobě výzdoby sálu (Krčálová 1975; Preiss 1980, s. 74–77; Vlček a kol. 2000, s. 177; Uličný 2017).

Španělský sál je oproti Rudolfově obrazárně dvojnásobně široký a původně byl asi o třetinu vyšší. Trámový průvlak nesoucí kazetový strop podpírala řada čtyř sloupů a dvou přístěnných polosloupů, která dělila sál na dvě poloviny v západovýchodním směru (Uličný 2017, s. 854). Pod ním byly zavěšeny ještě malby malované na plátně (tak jako v sousední galerii). Obvodové stěny byly členěny pilastry, které podpíraly kladí s vlysem a římsou. Severní strana byla členěna nikami s okny v celé výšce. Na západní i jižní stěně byly mezi pilastry slepé půlkruhové niky (na západní dvě a na jižní devět) zaklenuté konchami, pro něž vytvořil deset plastik potažených štukem v životní velikosti s mytologickými náměty Adrian de Vries. Prvních pět bylo osazeno na podstavce v nikách již v roce 1610 a další byly připraveny k instalaci již příští rok (Fučíková 2005, s. 81-90). Zděné podstavce byly postaveny v roce 1609. Osm z nich je vidět v nikách na jižní straně sálu na půdorysném plánu z konce 17. století (Uličný 2017, s. 851–853). Podle inventáře z roku 1621 byla nakonec z druhé dodávky osazena pouze jedna socha. Místo zbylých čtyř nechal císař Matyáš pořídit jen tři sochy s jinými motivy. Vedle toto dokončil Giovanni Battista Quadri v letech 1607 až 1611 pro sál také dvanáct bust antických císařů. Busty byly osazeny na dolní římse a byly polychromované – barva měla imitovat kov, snad bronz (Fučíková 2005, s. 81–90). Podle inventáře z roku 1621 se ve Španělském sále nacházely ještě další tři skutečně bronzové sochy (Uličný 2017, s. 852–854). K původní štukové výzdobě patřily také štukové trofeje zachycené v rámech mezi pilastry západní stěny ještě na rytině znázorňující sál při příležitosti průmyslové výstavy a návštěvy císařského páru v roce 1833. Pokus o rekonstrukci původní podoby západní a východní stěny na počátku 17. století provedl Uličný (2017, s. 853–860).