První písemné prameny s nepřímou zmínkou o kostele v těchto místech pochází z roku 1318 a týkají se špitálu sv. Markéty. Středověká špitální kaple byla v letech 1580 až 1583 nahrazena stávajícím kostelem sv. Markéty. Stavebníky kostela byli strakoničtí měšťané, stavitelem Vincenc Vogarelli původem z lombardského Bormia působící v Českých Budějovicích. Pozdně gotická hmota kostela se prolíná s četnými renesančními architektonickými i výzdobnými prvky. Na současné podobě kostela se podílí i barokní úpravy z doby kolem roku 1777 (kasulová okna, reliéfní členěné štítu). Kostel je orientovaný, se sálově koncipovaným jednolodním, pravoúhlým neodsazeným presbytářem a věží u západního průčelí. Sálový prostor lodi a presbytáře je zaklenut pěti poli hvězdové klenby se štukovými žebry. Jednoduchá štuková žebra o klínovém průřezu vybíhají z profilovaných říms přízedních pilířů a v centru hvězdových kleneb se sbíhají do svorníků v podobě neprofilovaného kruhové terče. Stratigrafické sondy (viz foto) prokázaly dochovanou renesanční výmalbu štukových žeber i stěn v podobě rostlinných dekorů. Renesanční štukové dekory se dále uplatňují na poprsnici varhanní kruchty v podobě řady obdélných výklenků s profilovými lištami a na centrálním balkonovém výstupku kruchty vybíhajícím z mohutného lasturovitého náběhu zdobeného dále abstrahovaným rozvilinovým dekorem. Zmíněný způsob členění kruchty odpovídá potřebám literátského bratrstva. Štuky se rovněž v podobě hřebínků objevují na dvou polích křížového zaklenutí podkruchtí.