Dnešnímu chrámu sv. Jakuba Většího v Brně předcházely postupně dva menší kostely, z nichž se dochovaly většinou jen základy. První, založený pro potřebu německých a flámských kolonistů v roce 1220, byl přestavěn do podoby s delším presbytářem, transeptem a dvouvěžovým průčelím na počátku 14. století.  Počátek realizace současné, třetí verze kostela, konkrétně jeho presbytáře, nelze s jistotou určit. Tzv. redukovaný katedrální chór, přistavovaný zřejmě k staršímu trojlodí, nese jisté znaky parléřovské architektury, které část badatelů dodnes podněcují k úvahám o jeho založení v době předhusitské, většinou jsou však nyní přisuzovány staviteli vídeňského svatoštěpánského dómu Lorenzu Spenningovi či jeho kolegovi Hansi Kurtzovi a počátek stavby kladen před polovinu 15. století. Z roku 1446 pochází smlouva mezi farářem a patronem kostela, dle které měl duchovní správce dostávat finanční příspěvky na stavbu. Následovala řada nadací brněnských měšťanů na stavbu kostela. Stavba mohla být u konce nejpozději roku 1473 či 1474, kdy byl dokončen chór.

Stavbu nového trojlodí urychlil požár v roce 1515, který zřejmě zasáhl zejména starou část kostela. Nicméně už v roce 1502 je na stavbě přítomen Anton Pilgram, mj. autor předsíně při severní chrámové lodi, která nese nápis informující o započetí této strany stavby v uvedeném roce. Autorem prostorové koncepce trojlodí mohl být Mert Hübel, jehož kamenická značka se nachází spolu s letopočtem 1526 na kazatelně.  Zastřešeno bylo v roce 1530, z let 1557 až 1570 jsou doloženy fundace na okna (Prokop 1904, s. 569) a konečně zaklenuto síťovou klenbou bylo zřejmě péčí stavitele Johanna Starpedela a severoitalského kameníka Pietra Gabriho v 70. letech 16. století (Kroupa – Šeferisová Loudová – Jakubec 2015, s. 265; Kroupa 1999, s. 96.). Do dřívější doby, už do 20. let, datuje klenbu ze současných badatelů snad jen Karel Kuča (2000, s. 289); již Zdeněk Kudělka (1968, nestr.) ji na základě formální analýzy zařadil nejdříve do poloviny století. Mezitím došlo ke změně patronátního práva – v roce 1532 přešla správa rozestavěného kostela kvůli vysokým nákladům z kláštera cisterciaček v Oslavanech na město Brno. Jako poslední byla vestavěna varhanní kruchta (1581) a dobudována hranolová věž při západním průčelí (1592). Lze tedy hovořit o gotickém presbytáři a pozdně gotickém trojlodí, přičemž v závěrečné fázi stavby chrámu došlo k patrnému pronikání renesance mj. v provedení žeber trojlodí, která již nejsou kamenná, ale štuková.

Prostor je prosvětlen velkými okny redukujícími stěny na minimum, která byla po 2. světové válce obnovena bez vitrají, což dále přispívá k jeho spíše raně novověkému působení. V letech 1871–1881 proběhla puristická novogotická rekonstrukce, která setřela pozdější, především barokní zásahy; opravy jsou doloženy v letech 1937–1939 (především vnější plášť budovy), 1969 (interiér) a 2015–2016, zatím poslední začala v roce 2022.

Halové trojlodí složené z pěti travé nesou kamenné pilíře členěné pruty hruškového profilu. Lomené valené klenby jednotlivých polí se styčnými výsečemi „pokrývá obrazec nízkých štukových žeber na způsob stlačeného hruškového profilu s cihlovým jádrem“ (Samek 1994, s. 165; jinde je jádro určeno jako terakotové, viz Kroupa – Šeferisová Loudová – Jakubec 2015, s. 265 a 275). Petr Kroupa (Kroupa 1999, s. 94) charakterizuje klenební obrazec jako „navazující žebrový kazetový vzor z lichoběžníkových ramen křížů, v bočních lodích lehce modifikovaných na křížové úseky oddělené žebernými pasy na jednotlivá travé“. Svorníky ve vrcholech polí jsou zdobeny mistrovskými značkami – Pietro Gabri či Antonio Silva – cechovními znameními a monogramy patřícími snad donátorům z řad tehdejších brněnských měšťanů (ibidem, s. 94. – Drobná 1940, nestr.). Stejný profil jako na klenbě trojlodí mají žebra v podklenutí kruchty, která zabírá jeho západní část; hrany lunetové klenby severní předsíně kostela kryjí rovněž štuková žebra protínající se ve svorníku tvořeném rozetou.