Kostel bl. Juliány byl původně zasvěcen evangelistovi Matoušovi. Bratři Hynek, Václav, Jan Lhošle a Jindřich z Valdštejna se v 80. letech 16. století dohodli, že v Brtnici postaví nový luteránský kostel, který se stane rodovým pohřebištěm. Kostel byl dokončen asi v roce 1590 nebo nanejvýš krátce poté za Hynka z Valdštejna (†1596). Měl podobu klenutého jednolodí s hranolovou západní věží a neodsazeným mělkým trojbokým závěrem. V západní části lodi se nacházela podklenutá kruchta.

V souvislosti s pobělohorskými událostmi došlo v Brtnici ke změně majitele panství. To už ho vlastnil Zdeněk z Valdštejna, synovec a dědic Hynka Brtnického z Valdštejna, jemuž bylo pro účast ve stavovském povstání zkonfiskováno brtnické panství. Císař pak Brtnici v roce 1623 prodal italskému vojevůdci a dvornímu císařskému válečnému radovi hraběti Rombaldu XIII. z Collalta a San Salvatore. Roku 1627 do Brtnice zavítal císař Ferdinand II. Téhož roku byl Collalto za zásluhy vyznamenán Řádem zlatého rouna. Dva roky poté došlo k horlivému budování. Hraběnka Blanka Polyxena položila základní kámen paulánského kláštera v sousedství zámku a byla zahájena přestavba bratrského kostela sv. Matouše. Roku 1629 došlo k předání kostela italskému misijnímu řádu paulánům a byla zahájena přestavba kostela podle plánů Giovanniho Pieroniho, kterou vedl Giovanni Peruzzi. V roce 1630 Ferninand II. opět navštívil Brtnici, i když hrabě Collalto byl právě na bojišti. Následně roku 1641 bylo změněno patrocinium kostela na Nanebevzetí P. Marie a až roku 1831 na bl. Juliány.

Zatímco valená klenba presbytáře je charakteristická bílými širokými pasy tvořícími kazetování s rozetami ve vpadlých oktogonech, klenba konchy byla členěna pomocí ovocných závěsů. Iónské hlavice s andílky na festonech jsou součástí již barokní úpravy kostela po roce 1629 pojící se s výzdobou nově vzniklých kaplí v lodi. Do interiéru kostela byly dodány další štukové dekory ztotožňující se s Collalty (štukoví andílci držící štíty s rodovými znaky Collaltů na římsách; znak Collaltů ve vrcholu vítězného oblouku atd.). Ze 17. století také pochází štukové zrcadlové rámy v bočních kaplích a osmidílná kopule se zrcadlovými rámy, okřídlenými hlavičkami andílků a ovocnými závěsy na stuhách. 

První fázi štukového dekoru tedy představují pozdně renesanční štuky vzniklé za Valdštejnů. Jejich největší koncentrace je v presbytáři, kde do pravidelné pravoúhlé sítě z kazet s rozetami byly vloženy symetricky podél středové osy okřídlené hlavičky andílků. Pole s andílky dělí ornamentální rostlinné motivy. Střed konchy zdobí maskaron, na který navazuje figurativní alegorické ztvárnění Víry, Naděje a Lásky. Jedná se o znázornění tří teologických ctností, víry (1. list Korintským 13. kapitola). V pásu nejblíže konše se střídá kadidelnice s kandelábrem, mešními konvičkami, zkříženými pochodněmi, opět kandelábrem a varhany. Další symetricky pojatý pás střídá otevřené Písmo s kandelábry. Následuje ho pás s kandelábry a papežskou tiárou a biskupskou mitrou (atributy příslušící dvěma církevním otcům, totiž Řehořovi Velikému a Augustinovi). Poslední pás u triumfálního oblouku střídá kandelábry s kadidelnicí, kalichem s hostií, křížem a nádobou se svěcenou vodou a kropáčem.  Pozdně renesanční štuky se nacházejí i na parapetu varhanní kruchty, kde se střídají obdélná a oválná pole. V lodi pak byla klenba akcentována štukovými žebry.

Brtnická výzdoba měla zajisté sloužit k reprezentaci rodu Valdštejnů (kostel byl vystavěn jako rodové pohřebiště), proto byl vybaven bohatou štukovou výzdobou, jež mohla být dílem italsky školeného zručného štukatéra. Jej mohl Hynek z Valdštejna získat právě od Ferdinand I., kterého doprovázel při jeho diplomatických cestách. O významu této lokace svědčí i skutečnost, že Brtnici posléze dvakrát navštívil i císař Ferdinand II. (Panochová s. 109).

V minulosti se soudilo, že celá štuková výzdoba pochází až ze 17. století, to vyvrátil stavebně historický průzkum (Borský 2013) a restaurátorský průzkum (FR Univerzita Pardubice 2020). Borský potvrdil, že věž, presbytář i koncha spadá do první etapy výstavby zámku, tedy do období před r. 1629. Zároveň srovnání brtnického kostela s kostelem Nejsvětější Trojice v Běhařovicích u Jevišovic ukázalo, že štuky z Běhařovic vycházely z výzdoby brtnického kostela. Na podobnost obou staveb poukázala Krčálová v roce 1986 a přímo předpokládala, že vzorem pro běhařovickou stavbu byl brtnický kostel. Shoda je velmi nápadná nejen po architektonické stránce, ale i po stránce dekorativní. Vztah Běhařovic a Brtnice také umocnila rodinná blízkost. Z testamentu Hynka Brtnického z Valdštejna (psaného 11. dubna 1595), stavebníka brtnického kostela, vyplývá, že jeho sestra Markéta Brtnická z Valdštejna se provdala za stavebníka Běhařovic, Jiřího Krištofa Teuffela z Gundersdorfu, komorníka rakouského arciknížete Matyáše.